El término ‘samaritano’ aparece solo una vez en el Antiguo Testamento, donde se refiere a los ciudadanos de lo que había sido el reino de Israel (2 Rey. 17: 29). Más adelante, sin embargo, se aplicó a los pobladores de la región de la cual la ciudad de Samaria era el centro político, y donde se había desarrollado un sistema religioso y social único. El origen de los samaritanos se describe en 2 Reyes 17: 24 al 34. Después de que Tiglat-pileser III (745-727 a. C.) y Sargón II (722-705 a. C.) enviaron al exilio a gran parte de la población de Israel, trajeron gente de Babilonia, del norte de Mesopotamia y de Hamat en Siria al territorio del antiguo reino. Esta gente trajo su propia religión, pero, como resultado de mezclarse con los israelitas que habían quedado, también adoptaron el culto a Yahweh. Este proceso se aceleró como consecuencia de algunas catástrofes que los recién llegados interpretaron como una señal del desagrado de la deidad local porque no le habían prestado suficiente atención (Josefo, Ant. Ix. 14. 3). Bajo Esar-hadón (681-669 a. C.) y Asurbanipal (669-627 a. C.), nuevos contingentes de extranjeros ingresaron al territorio de Samaria (Esd. 4: 2, 9-10).
Durante su reinado en Judá, el rey Josías (c. 640-c. 609 a. C.) extendió su autoridad sobre el territorio del antiguo reino de Israel, que había sido la provincia asiria de Samaria desde el año 722 a. C. Cuando Josías llevó a cabo sus reformas religiosas, no solo recorrió su propio reino sino también el área de las tribus del norte destruyendo todos los vestigios de cultos paganos e idolatría (2 Crón. 34: 6-7). Es posible que la influencia de Josías haya contribuido a que la adoración al Dios de Israel se extendiera entre los samaritanos, y que los cultos extranjeros se suprimieran cada vez más, aunque los judíos de Jerusalén consideraban impura la religión samaritana. Como sus Escrituras, los samaritanos adoptaron el Pentateuco. Algunos de los habitantes de Samaria asistían a los servicios del Templo en Jerusalén, incluso después de la destrucción del Templo de Salomón (Jer. 41: 5; cf. Esd. 4: 2).
Cuando los judíos regresaron del exilio babilónico (alrededor del 536 a. C.) y comenzaron a restablecer su religión, los samaritanos ofrecieron unirse a ellos, pero Zorobabel, Jesúa y los otros líderes de Jerusalén los rechazaron por completo (Esd. 4: 1-3). Habían aprendido de las advertencias de los profetas que su calamidad nacional había sido el resultado de su infidelidad a Dios. Convencidos de que los samaritanos tenían una religión corrompida, quisieron evitar los errores de los tiempos pre exílicos y, por lo tanto, optaron por el aislamiento religioso y social. Como resultado, se fue desarrollando un odio cada vez más profundo entre los dos pueblos. Los samaritanos se opusieron a la reconstrucción del Templo por parte de los judíos que habían regresado en la época de Ciro (vers. 4-5), hicieron acusaciones falsas contra ellos en el reinado de Asuero (vers. 6), y obstaculizaron activamente la reconstrucción del muro de Jerusalén durante el gobierno de Artajerjes. No satisfechos con acusar a los judíos de rebelión, quemaron puertas y destruyeron secciones del muro reconstruido (Esd. 4: 7-23; Neh. 1: 3). Nehemías describe en detalle los esfuerzos que hizo Sanbalat, el gobernador de los samaritanos, para obstaculizar su trabajo, aunque Nehemías había sido enviado por el rey y poseía toda la autoridad necesaria para completar el trabajo de reconstrucción del muro de Jerusalén (Neh. 2: 10, 19-20; 4: 1-2; 6: 1-14).
Después de ser rechazados por los judíos, los samaritanos construyeron un templo en el monte Gerizim, en el que ofrecían sacrificios de acuerdo con el ritual mosaico. No está claro si este templo fue construido en el siglo V o en el siglo IV a. C. El antagonismo entre los judíos y los samaritanos se hizo especialmente evidente en la época de Antíoco IV Epífanes. Mientras que los judíos resistieron sus intentos por helenizarlos y soportaron severas persecuciones de los sirios (2 Mac. 6), los samaritanos dedicaron su templo en el Monte Gerizim a Zeus, el defensor de los extranjeros (2 Mac. 6: 2). Por consiguiente, cuando los judíos recuperaron el control de Palestina durante el reinado de los Macabeos, se volvieron contra los samaritanos y Juan Hircano (135-105/4 a. C.) destruyó el templo en el monte Gerizim en el año 128 a. C. No obstante, los samaritanos continuaron realizando servicios religiosos en el pico más alto del monte Gerizim, adyacente al sitio donde había estado su templo, porque consideraban que ese era el verdadero lugar de culto (ver Juan 4: 20-21). Todavía celebran la fiesta de la Pascua en el monte Gerizim, conforme a los ritos mosaicos, incluyendo el sacrificio del cordero de Pascua.
El odio entre los judíos y los samaritanos no había disminuido en el tiempo del ministerio de Jesús en la tierra, una realidad indicada por varios pasajes en el Nuevo Testamento (Luc. 9: 51-54; Juan 4: 9; cf. 8: 48). Por esta razón, la mayoría de los peregrinos que viajaban de Galilea a Jerusalén evitaban pasar por Samaria y hacían un desvío por Perea.
La religión de los samaritanos no difería mucho de la de los judíos en la época de Jesús, porque ambos pueblos aceptaban el Pentateuco. También esperaban que viniera un Mesías (cf. Juan 4: 25). Sin embargo, sus creencias religiosas eran menos nacionalistas que las de los judíos ortodoxos, especialmente los fariseos. Jesús no discriminó a los samaritanos y los aceptó en igualdad de condiciones (Luc. 10: 29-37; 17: 16-18; Juan 4: 1-42).